Ez a történet egy új fajról, a dicloniusokról szól. Többek között Lucy-ról, Nana-ról és Mariko-ról. Legalábbis csak ők jelennek meg a történetben. A történet avval kezdődik, hogy 1 diclonius (Lucy) megszökik egy börtönféleségből és hogy ki tudjon jutni innen, mindenkit lemészáról. Végül egy lövést kap, amitől megszédül és a tengerbe zuhan. A tengerparton Kouta és Yuka találja meg. A történet innentől csak bonyolódik, de azért sokszor fény derül még a múltbéli eseményekre is. Később szerepet kap még az animeben Mayu és Nana is, akik szintén fontos karakterek a történetben. (Persze több szereplővel bővül, de ők a lényegesebbek)